La climatización de un establecimiento sanitario desempeña un papel mucho más importante que simplemente brindar comodidad a los pacientes y empleados. El equipo médico en los hospitales y las instalaciones sanitarias son sensibles a los niveles de temperatura y humedad, y requieren un control de aire adecuado para funcionar con precisión. Pero además, la necesidad de disponer de salas con muy distinto uso en los hospitales, añade una complejidad adicional al diseño de estos sistemas. Es necesario zonificar muy claramente los distintos espacios y el uso que se les va a dar. En un hospital hay que prever salas donde se dará tratamiento y descansarán enfermos con diversas patologías, entre ellas un grupo estará expuesto a enfermedades infecto-contagiosas, que requieren de un determinado nivel de aislamiento, así como salas para enfermos con sistema inmunológico deprimido o débil (como las salas de cuidados intensivos, o salas de neonatos, quirófanos), donde hay que evitar que lleguen los gérmenes patógenos que abundan en los hospitales. Los hospitales son por lo tanto lugares donde se acumula una concentración de agentes patógenos muy superior a la media de los edificios, y en su mayor parte estos agentes viajan en las corrientes de aire, por lo que los equipos de climatización son muy sensibles a acumular grandes cantidades de patógenos e incluso a servir de zonas de cultivo de los mismos, con el consiguiente riesgo para la salud de los usuarios. Todo esto es necesario evitarlo con un correcto diseño de las instalaciones, de forma que se proteja a los pacientes, los trabajadores del hospital y los  visitantes frente a la exposición a estos patógenos.